Su obra se desenvuelve en torno a una reflexión sobre la libertad humana, abarcando los campos de la psiquiatría, la educación, la política y la filosofía. Su concepción de la libertad, como encuentro fructífero con el azar, es el eje en torno al cual redefine la práctica psiquiátrica, la vida familiar y el ejercicio ciudadano. Desarrolla además conceptos complementarios como el valor central de la ternura, la ecología humana como emergencia de la singularidad sin romper la interdependencia y lo sacro como figura de la conciencia en la sociedad de masas contemporánea.

Ha combinado su labor de pensador con la intervención social frente a problemas como la drogadicción, la violencia y la torpeza afectiva que priman en el mundo contemporáneo. En 1997 lideró el Mandato Ciudadano por la Paz, movimiento civil que movilizó a diez millones de colombianos que depositaron un voto por la paz y la finalización de la violencia. Entre agosto del 2002 y marzo de 2009 se desempeñó como Alto Comisionado para la Paz del gobierno de Colombia.

Autor de los libros: Libertad y locura (1983); La trampa de la razón (1986); El derecho a la ternura (1994); La fruta prohibida (1994); Ecología humana (1996); Semiología de las prácticas de salud (1996); El derecho a la paz: proyecto para un arca en medio de un diluvio de plomo (1997); Ética del amor y pacto entre géneros (1998); Memorias de la tierra (1998); Mas allá del terror: abordaje cultural de la violencia en Colombia (2002); El retorno de lo sacro (2004); Viaje al fondo del mal (2005); Origen del concepto de espíritu (2010).